En 1957, Thompson se volvió de particular interés para el FBI, que controló de cerca su paradero y su correspondencia. El FBI estaba preocupado por si Thompson debería ser registrado como agente extranjero debido a su trabajo para Der Weg , y su solicitud de opiniones sobre los juicios por crímenes de guerra y sobre el destino de Dönitz en particular, de militares, legales y otras personas eminentes.
Cuando Dönitz fue liberado de la prisión de Spandau en 1956, Thompson organizó una campaña internacional que logró obtener para éste todos los derechos de pensión como veterano. El éxito de la campaña reflejó los amplios contactos de Thompson con personas influyentes. La correspondencia relacionada con la campaña se publicó como libro en 1976, Dönitz at Nuremberg: A Reappraisal. Las cartas se habían presentado como un álbum a Dönitz en su liberación.
El FBI tomó un renovado interés en Thompson en 1984 con respecto al estado de su pasaporte. Bajo la dirección editorial del aspirante a biógrafo de Yockey, Keith Stimley, Thompson contribuyó con reseñas de libros al Journal of Historical Review. Organizó la aparición de Remer en la Octava Conferencia Internacional Revisionista en 1987. Cuando Remer murió diez años después, Thompson escribió sobre la pérdida de este viejo amigo: Remer o Yockey no pueden ser olvidados siempre que podamos hacer algo al respecto.
En los últimos años antes de su muerte el 3 de marzo de 2002, Thompson se convirtió en un donante notable de elementos conservadores del Partido Republicano,
